随后，成吉思汗着手扩建中军怯薛军。在1204年，成吉思汗整顿军队之时，就已经挑选了一部分贵族子弟充当自己身边的护卫军。在建国后，他立即把护卫军的人数扩充到了1万人，分为四队，轮流值班，称为四怯薛。四怯薛各有怯薛长，分别由成吉思汗的亲信“四杰”博尔术、博尔忽、木华黎、赤老温担任，并世袭其职。这支军队只接受成吉思汗的调遣，主要职能是护卫大汗金帐和分管汗廷的各种事务。成吉思汗很重视这支军队的可靠性，因此在挑选士兵的时候，专门从各级那颜的子弟中挑选。成吉思汗手里掌握有这样的一支精锐部队，就足以制约任何一个在外的诸王和那颜了。另一方面，各级那颜的子弟被纳入怯薛中，就相当于“质子”，这就更有利于成吉思汗驾驭臣下了。
成吉思汗还创制了蒙古文字，颁行法典。蒙古本来没有文字，只靠使者传报、结草刻木记事。成吉思汗在消灭乃蛮部后，俘获了乃蛮部掌印官畏兀儿人塔塔统阿，命在畏兀儿文的基础之上，创制蒙古文字，并命他教授诸子们学习。此后不久，成吉思汗命人将蒙古自古相传的习俗、历来的训令等加以汇总，并以文字的形式记录下来，称为“大札撒”。大札撒在当时具有法律的效应，是断事官和其他各级行政官吏处理司法及日常政务的主要依据。宋开禧二年（1206年），成吉思汗任命其养弟塔塔儿人失吉忽秃忽担任大断事官，主掌司法，除了负责审理案件、惩治犯罪之外，还负责户口的征收，以及赋税的征收。在大断事官之下，又设立地方断事官，专门负责管治本区域的百姓。这一系列的措施有利于巩固成吉思汗的汗权，构筑了蒙古帝国的基本框架，也为他在以后的岁月里在更大范围内进行扩张战争奠定了基础。