神秘主义是起源于东方的。早在中世纪初期，西罗马帝国灭亡以后，一些东罗马帝国的传教士来到西方，带来了东方的神秘主义，对西方的基督教哲学和神秘主义的结合产生了深远的影响，后来的神秘主义哲学思想大都可以在中世纪早期的神秘主义的哲学中找到雏形。这一时期，教会神秘主义哲学的主要特点是对辩证法和其他世俗学问持敌视的态度，将它们视为神学的对立面。
12世纪，随着经院哲学的兴盛，中世纪的教会神秘主义哲学得到发展。当时，一些神学家反对片面的智力万能论，重新倡导神秘主义哲学，主要代表有法国西斯特先修会修士伯尔纳德和法国圣维克托隐修院修士雨果。他们不反对理性，但反对用理性来论证一切的思想，主张理性和宗教情感的结合，主张有一种认识是不能靠智力来推论的，那就是超越理性的真理。这种真理要凭对《圣经》和教会的权威的信仰来接受；但只有靠神秘的幻象或直觉，信仰才可能转化为知识。他们认为，灵魂要通过三个阶段，即思考、默思和默观（cogitatio，meditatio，contempltio），上升到洞悉一切的高度，而唯有默观才能超越理性的信仰对象，树立不可动摇的信念。这一时期的神秘主义与经院哲学合流，合流后的经院哲学成为占支配地位的意识形态。它的主要特点是神秘主义神学家承认辩证法在神学中的有限应用，同时坚持辩证神学不能达到最高的神学真理。这一时期，在一些著名的经院哲学大师中，如托马斯等人，也在不同程度上具有神秘主义的因素。