最后一个阶段学习哲学。巴塞罗斯认为哲学是知识的最高形式，“没有哪门学科能够与哲学相伦比，它是从各门学科中抽象出来的，包含了各门学科”[22]。因此，只有扎实而完整地学习了其他各门知识，以宽广的知识为基础，才能进一步地学习哲学知识，也只有最优秀的人才有可能攀登上这一知识的顶峰。巴塞罗斯虽然运用新柏拉图主义观点来诠释《圣经》和基督教教义，但是他并没有因循希腊教父们的观点，把哲学看成是神学的奴婢。巴塞罗斯把哲学看成是各门知识的抽象和综合，不言而喻，哲学也是知识的王冠，它的地位并不低于神学。11世纪，西欧经院哲学体系初步形成，哲学界全神贯注地致力于调和基督教教义和希腊罗马哲学、理性与信仰之间的矛盾。相比较而言，巴塞罗斯虽然也宣扬上帝要靠虔信去领悟，而不能靠理性去认识，但是，他提出，哲学和宗教是各自独立的认识领域，反对把哲学和宗教混为一谈，反对教会对学术妄加干预。巴塞罗斯的学生义塔罗斯（J. Italus）继承和发展了他的观点，认为哲学和教会教义是两种不同的思想体系，应完全采取不同的途径探索真理，主张哲学和神学应该分离，全面地驳斥了被教会利用和歪曲的亚里士多德学说。为此，他们师徒两人遭到了教会的残酷迫害。