革命派发动讨袁军事前后，袁世凯也在对镇压革命派的军事行动进行紧张的部署。1913年5月，袁世凯主持召开秘密军事会议，决定作战方针是：“第一期对于湘、赣、皖、苏作战，利用京汉、津浦两路线集中，以鄂省为主要策源地，并以海军策应沿岸，兼妨害敌军之集中。”袁之军事方针系以西线江西和东线江苏为重点（因二次革命时期的军事作战集中在东西两线，故又称为“赣宁之役”），利用运输便捷的有利条件，以速战速决态势结束行动，不使革命派武装有喘息之机。在政治上，袁世凯以民国法统的代表自居，对外表示自己对国民党“不惜屏声忍气，曲予优容”；反诬革命派“煽乱”，“暗杀”，“暴烈进行”，“破坏民国”。7月21日，袁世凯正式下令：“政府为整肃纪纲、维持国本起见，不得不以兵力戡定”；“本大总统躬承国民付托之重，值此变出非常，荡平内乱，责无旁贷”；“用兵定乱，为行使约法上之统治权，民国政府当然有此责任”。革命派之宣布“独立”与袁世凯之声明“定乱”表明双方全面决裂，南北两军亦进入全面交战状态。