嘉靖十四年,赵贞吉二十八岁,其父亲强令其赴礼闱参加会试、殿试,中乙未科进士。当时都察院左都御史王庭相是徐阶的学生,颇为称赞他的对策文章,并称可与汉朝贾谊的《治安策》相媲美。
内阁当时拟一甲第二名,高拱嫌其语委婉,便批评:“略泛而滞于行,明哲保身。”
置二甲第二,后来有徐阶从中斡旋,才首选他为庶吉士,特旨留馆,读书中秘。
嘉靖十七年,赵贞吉因感嘉靖帝即位初时锐意改革,去除积弊,近年来却沉迷方术,导致朝政荒废,便上《乞求真儒疏》,惹恼了嘉靖。
因高拱一向与赵贞吉政见不合,便请命罚赵贞吉到南京治学。
虽然赵贞吉后来出教司礼监,升为右春坊右司允,后因连累严嵩而无奈半退隐。
直到嘉靖三十九年,徐阶和高拱逐渐走到台面上,开始反攻严党,赵贞吉才真正得到重用,升任为南京户部右侍郎,闲职在身,一身才干无用武之地,只得在江南贡院崇文重教,倒也颇得一些心学心得,成为王学传承之一的泰州学派的代表人物之一。