嘉靖十四年，赵贞吉二十八岁，其父亲强令其赴礼闱参加会试、殿试，中乙未科进士。当时都察院左都御史王庭相是徐阶的学生，颇为称赞他的对策文章，并称可与汉朝贾谊的《治安策》相媲美。
内阁当时拟一甲第二名，高拱嫌其语委婉，便批评：“略泛而滞于行，明哲保身。”
置二甲第二，后来有徐阶从中斡旋，才首选他为庶吉士，特旨留馆，读书中秘。
嘉靖十七年，赵贞吉因感嘉靖帝即位初时锐意改革，去除积弊，近年来却沉迷方术，导致朝政荒废，便上《乞求真儒疏》，惹恼了嘉靖。
因高拱一向与赵贞吉政见不合，便请命罚赵贞吉到南京治学。
虽然赵贞吉后来出教司礼监，升为右春坊右司允，后因连累严嵩而无奈半退隐。
直到嘉靖三十九年，徐阶和高拱逐渐走到台面上，开始反攻严党，赵贞吉才真正得到重用，升任为南京户部右侍郎，闲职在身，一身才干无用武之地，只得在江南贡院崇文重教，倒也颇得一些心学心得，成为王学传承之一的泰州学派的代表人物之一。